研究疊層石的成因必須從研究現代疊層石入手。它們主要是層紋狀疊層石，頭狀的柱疊層石，球狀疊層石等。在溫泉中還可發現藍藻所形成的近乎錐狀疊層石的構造。
　　現代疊層石主要生長于潮間帶。生活于水下，但可露出水面。水體可以是正常海水、亦可以是閑化或淡化瀉湖。疊層石的生長需要以下條件：
　　①藍藻藻叢的生長發育；
　　②有一定數量的細小沉積顆粒供藍藻的膠鞘粘附；
　　③水底的底流不太強烈，水底物質的位置相對穩定；
　　④疊層石增長速度大于它的剝蝕速度；
　　⑤疊層石在生長過程中應迅速得到固結，否則就會垮塌，不能具備形態學特征。
　　古代疊層石主要保存于石灰巖、白云巖中。在燧石層、磷塊巖、鐵礦中，甚至砂巖中也可發現疊層石。